2009年12月，九龙公司针对其九龙城市乐园二期项目的多个标段进行了工程招标，涵盖了多个住宅楼及人防地下室等。顺通公司积极参与投标，并最终以最低价格成功中标。随后，在2010年1月29日，九龙公司正式向顺通公司发出了三份中标通知书。

依据中标通知书的要求，双方于2010年2月1日就上述标段的土建和安装工程，分别签订了三份详尽的建设工程施工合同，并随即于次日向连云港市建设工程招标投标管理办公室进行了合同备案。

为进一步明确合同细节，双方于2010年2月5日又签订了一份补充协议，针对工期、承包内容及工程款支付等关键条款进行了细化和调整，同时明确未涉及条款仍按原合同执行。

此后，顺通公司按照合同约定迅速组织人员进场施工。在工程施工期间，九龙公司再次对地下工程进行招标，顺通公司再次中标，并于2011年1月26日收到中标通知书。随后，双方于2011年2月22日签订了新的建设工程施工合同，其中关于合同价款及支付的条款与前三份合同保持一致。

为了更好地执行新合同，双方于2011年4月8日再次签订补充协议，对工期、承包内容及工程款支付等进行了调整。

在接下来的几年里，涉案工程陆续通过了竣工验收。具体来说，2011年8月24日，部分楼栋完成了验收；2012年7月31日，地下室工程通过验收；同年8月1日，更多楼栋及人防地下室完成验收；最后，在2012年8月13日，剩余楼栋也顺利通过了竣工验收。至此，所有涉案工程均已达到了合格标准。

本案的争议焦点在于：双方签订的两份补充协议，在工程价款和工程进度款支付方式上作出了重大变更，这些变更是否背离了合同的实质性内容。

法院经审理认为，九龙公司与顺通公司之间签订的四份中标备案建设工程施工合同均合法有效。而后续签订的两份补充协议，在关键条款上与原合同存在重大差异，实质上背离了中标合同的实质性内容。因此，法院认定这两份补充协议无效。