在探讨如何理解和应用《工商行政管理机关行政处罚案件违法所得认定办法》之前，我们首先需要明确什么是“工商行政管理机关行政处罚案件违法所得认定办法”。简而言之，这是国家工商行政管理总局制定的一套规范性文件，旨在规范和保障工商行政管理机关依法、公正、有效行使职权，正确实施行政处罚，并保障公民、法人和其他组织的合法权益。

《工商行政管理机关行政处罚案件违法所得认定办法》于2008年11月21日由国家工商行政管理总局局务会议审议通过，并于2009年1月1日起施行。该办法共计十一条，对违法所得的认定原则、计算方法以及特殊情况的处理等做出了详细规定。

依据《工商行政管理机关行政处罚案件违法所得认定办法》，工商行政管理机关在认定违法所得时，基本原则是以当事人违法生产、销售商品或者提供服务所获得的全部收入扣除当事人直接用于经营活动的适当的合理支出。这一原则适用于大多数情况，但办法中也有特殊规定。例如，违法生产商品的违法所得按违法生产商品的全部销售收入扣除生产商品的原材料购进价款计算；违法销售商品的违法所得按违法销售商品的销售收入扣除所售商品的购进价款计算；违法提供服务的违法所得按违法提供服务的全部收入扣除该项服务中所使用商品的购进价款计算。此外，对于为违法行为提供便利条件的违法所得，则按当事人的全部收入计算。

在解决具体案件时，工商行政管理机关会根据上述原则及计算方法，结合案件实际情况，对当事人的违法所得进行认定。例如，在传销违法活动中，拉人头、骗取入门费式传销的违法所得按当事人的全部收入计算；而团队计酬式传销的违法所得，则根据销售商品的性质（自产或非自产）分别计算。

总结来说，《工商行政管理机关行政处罚案件违法所得认定办法》为工商行政管理机关在行政处罚案件中认定违法所得提供了明确的法律依据和操作指南。通过遵循该办法的原则和计算方法，工商行政管理机关能够更加公正、准确地认定当事人的违法所得，从而维护市场秩序和公平竞争环境。对于公众而言，了解这一办法也有助于增强对工商行政管理机关行政处罚的理解和信任。